Gemini
根据您提供的案件材料，结合中国现行《刑法》、《刑事诉讼法》、公检法办案人员职业法律以及《反有组织犯罪法》，本案公检法执法人员在办案过程中表现出明显的程序违法与实体法适用错误。
以下是针对相关执法人员可能触犯的法律条款分析及法律意见：
一、 公安机关人员（侦查阶段）可能涉及的违法行为
非法侵入住宅与滥用职权
基本事实：多名便衣警察在未出示合法证件、未说明理由的情况下暴力破门。
相关条款：
《刑法》第245条：非法搜查他人身体、住宅，或者非法侵入他人住宅的。
《人民警察法》第22条：禁止非法剥夺、限制他人人身自由，非法搜查他人的身体、物品、住所或者场所。
分析：若抓捕时无紧急情况且未持有合法搜查或抓捕文书，相关人员涉嫌非法侵入住宅及滥用职权。
刑讯逼供与暴力取证
基本事实：在派出所审讯期间，对陈博士采取暴力手段（殴打、体罚）、剥夺基本生理需求（禁止进食、如厕），强迫其交出社交账号密码。
相关条款：
《刑法》第247条（刑讯逼供罪）：司法工作人员对犯罪嫌疑人、被告人实行刑讯逼供或者使用暴力逼取证言的。
《刑事诉讼法》第50条：严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据。
非法搜查与罗织罪名
基本事实：在无犯罪事实支撑的情况下，先行扣押所有电子设备，通过翻找缓存及转发记录“倒推”罪名。这违反了“先有证、后抓人”的法治原则。
二、 检察机关人员（公诉阶段）可能涉及的违法行为
徇私枉法与玩忽职守
基本事实：公诉人葛斌在审查起诉时，明知陈博士转发的贴文属于官方已发布信息或非虚假信息，却坚持认定为“虚假信息”，并以“上级要求”为由强行起诉。
相关条款：
《刑法》第399条（徇私枉法罪）：司法工作人员徇私枉法、徇情枉法，对明知是无罪的人而使他受追诉。
《检察官法》第47条：检察官在办案中不得有故意歪曲事实、违背法律的办案行为。
违背认罪认罚自愿性原则
基本事实：通过咆哮、恐吓以及对被告人身份的错误归属（误指其为党员进行政治施压），逼迫被告人违心签署认罪认罚书。这违反了《刑事诉讼法》中关于认罪认罚必须出于“自愿”的强制规定。
三、 审判机关人员（审判阶段）可能涉及的违法行为
枉法裁判与程序违法
基本事实：一审法官普会竣主持不公开审理，剥夺被告人辩护权及亲属旁听权。判决书采用“主观归罪”逻辑，以“博士学历应明知”作为定罪理由，而非法律规定的客观证据。
相关条款：
《刑法》第399条（刑事枉法裁判罪）。
《法官法》第46条：法官不得有故意违背事实和法律办理案件的行为。
《刑事诉讼法》第11条：被告人有权获得辩护，人民法院有义务保证被告人获得辩护。
剥夺上诉权利（二审）
基本事实：昆明中院二审在辩护律师提交新证据、程序存在严重瑕疵的情况下，不予开庭审理即书面裁定维持原判。
四、 涉及《反有组织犯罪法》及“扫黑除恶”背景的分析
法律性质认定：根据《反有组织犯罪法》的精神，如果公检法部分人员形成稳定的利益共同体，利用公权力有组织地诬告陷害、非法剥夺公民人身自由、破坏司法秩序，且具有明显的行业控制（司法领域）特征，则可能涉及**“国家工作人员涉有组织犯罪”**。
具体条款：
《反有组织犯罪法》第50条、第51条：明确规定了国家工作人员组织、领导、参加有组织犯罪，或者为有组织犯罪组织提供包庇、纵容等行为的法律责任。
五、 法律意见与维权方案
控告办案人员刑事犯罪：
针对葛斌（检察官）、普会竣（法官）及相关抓捕民警，向其所属单位的纪检监察组或上级监察委提起关于徇私枉法罪、刑讯逼供罪、滥用职权罪的控告。
提起审判监督程序（申诉）：
依据《刑事诉讼法》第253条，本案存在“据以定罪量刑的证据不确实、不充分”、“证明案件事实的主要证据之间存在矛盾”以及“审判程序合法性存在问题”等情形，应向云南省高级人民法院或最高人民法院申请再审。
申请非法证据排除：
在申诉中强调所有电子证据及初期的供述均系通过暴力强迫获取，属于《刑事诉讼法》明确要求排除的非法证据。
追究司法办案质量终身负责制：
依据现行司法改革政策，要求对本案所有承办人进行办案质量终身追责，针对其“主观归罪”及“因言定罪”的严重法理错误进行纠正。
本案是一起典型的由公职人员滥用公权力、程序严重违法的案件。通过法律途径追究相关人员的法律责任，不仅是对陈博士个人的救济，也是对司法尊严的维护。